Como dar baixa em estoque manualmente:
- Gerar relatório:
Acesse o Relatório de Movimento de Estoque e analise o saldo do estoque do item que deseja ajustar.

- Criar uma nova nota fiscal:
Vá em Nota Fiscal > Nova NFe.

- Selecionar o estabelecimento:
Informe o estabelecimento onde o item teve movimentação de estoque.

- Definir a operação fiscal:
- Se o saldo do item estiver negativo, utilize a operação 1949 - Ajuste de Estoque - ENTRADA.
- Se o saldo do item estiver positivo, utilize a operação 5949 - Ajuste de Estoque - SAÍDA.
(caso não localize a operação entre em contato com o suporte para cadastro)
- Preencher número e série:
Insira um número simbólico no campo "Número" e "Série" para controle interno.
- Definir o destinatário:
Coloque você mesmo como destinatário da nota.
- Ajustar o item:
Adicione o item que deseja ajustar e informe a quantidade correta para zerar o estoque (com base na análise do saldo feita no passo 1).
- Ignorar parcelas:
Não é necessário gerar parcelas para esta operação.
- Salvar a nota:
Finalize o processo clicando em Salvar.
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