Para consertar este erro o emitente do CT-e ou MDF-e deve cancelar o documento lingado a NF-e.
Depois do momento que o CT-e ou MDF-e forem cancelados, a nota poderá também ser cancelada.
Todavia as vezes mesmo se na Sefaz estiver com esta situação correta, leva um intervalo de tempo para informação replicar para o âmbito nacional:
P/S: Então recomendamos que faça o cancelamento com um intervalo grande do horário final de cancelamento (8h depois da emissão).